Durant sa prime enfance, il n'est exposé à la musique que sous la forme de chants religieux tels que le Gospel, seule forme musicale que son père, pasteur de son état, autorise à sa famille.

 Il ne se familiarise avec le Blues qu'après la séparation de ses parents en 1921 et le remariage de sa mère avec Willie Moore, ouvrier agricole et bluesman à ses heures, qui lui apprend des rudiments de guitare. 

Toute sa vie, John Lee Hooker rendra hommage à son beau-père, qu'il considère à l'origine de son style très personnel. En 1923, le père de Hooker meurt, et John Lee, âgé de seulement 15 ans, fuit son foyer. Il ne reverra jamais ni sa mère ni son beau-père.

Après diverses péripéties sur lesquelles les sources diffèrent, il s'installe en 1943 à Detroit, alors capitale de l'industrie automobile, dans l'intention d'y exercer un travail d'ouvrier. 

Dans le même temps, il tente de trouver des engagements de musiciens dans les bars et les bordels de Hasting Street, le quartier des plaisirs de la ville. 

Il y connaît des débuts difficiles dus au manque de puissance sonore de son instrument : il faut parvenir à couvrir le bruit des consommateurs, voire des orchestres concurrents ! 

Il adopte donc très tôt les premières guitares électriques, qui permettent, grâce à leurs micros intégrés et à un amplificateur, de jouer plus fort que n'importe qui, et développe un style agressif et hypnotique, exploitant au mieux l'énergie musicale de l'électricité. En 1948, il enregistre son premier disque, la chanson Boogie Chillen, dans un style rudimentaire, proche de la parole, qui deviendra sa marque de fabrique.

Avec les années 60 vient en effet le British Blues Boom : des musiciens anglais comme les Rolling Stones, Eric Clapton ou John Mayall redécouvrent le Blues, le pratiquent et sortent de l'oubli quantité de musiciens légendaires, dont Hooker. Le public européen, avide d'authenticité, lui fait un triomphe dont lui-même, habitué au mépris des blancs aux États-Unis, est stupéfait. John Lee Hooker devient alors une véritable star dans le monde entier, aux côtés d'autres grands musiciens fraichement redécouverts comme Muddy Waters ou Howlin' Wolf.Il enregistre avec les plus grands groupes de Blues électrique tels que Canned Heat, et démarre une carrière internationale fructueuse qui durera jusqu'à sa mort.

En 1980, il joue son tube Boom Boom dans le film The Blues Brothers. Pour respecter son style d'improvisation, sa prestation est filmée et enregistrée en live, au contraire de bien des films musicaux qui utilisent le playback. Il se joint en 1989 à d'autres musiciens prestigieux tels que Carlos Santana et Keith Richards pour enregistrer l'album The Healer, qui lui vaudra un Grammy Award du Meilleur disque de Blues traditionnel. Il chante également plusieurs morceaux aux côtés de Van Morrison, dont "Never Get Out of These Blues Alive", "The Healing Game" et "I Cover the Waterfront", et se produit avec lui sur scène. A la fin de sa vie, Hooker s'installe à San Francisco, où il ouvre un club de Blues nommé d'après son plus grand succès, Boom Boom Room. Il tombe malade en 200 , juste avant une tournée en Europe, et meurt peu après " le 21 juin " jour de la fête de la musique, à l'âge probable de 83 ans.

• 1959 - Folk Blues
• 1959 - House Of The Blues
• 1959 - The Country Blues of John Lee Hooker
• 1960 - Blues Man
• 1960 - I'm John Lee Hooker
• 1960 - That's My Story
• 1960 - Travelin'
• 1961 - John Lee Hooker Sing The Blues
• 1961 - Plays And Sings The Blues
• 1961 - The Folk Lore of John Lee Hooker
• 1962 - Burnin'
• 1962 - Drifting the Blues
• 1962 - The Blues
• 1962 - Tupelo Blues
• 1963 - Don't Turn Me from Your Door: John Lee Hooker Sings His Blues
• 1964 - Burning Hell
• 1964 - Great Blues Sounds
• 1964 - I Want to Shout the Blues
• 1964 - The Big Soul of John Lee Hooker
• 1964 - The Great John Lee Hooker (Japan only)
• 1965 - Hooker & The Hogs
• 1966 - It Serves You Right to Suffer
• 1966 - The Real Folk Blues
• 1967 - Live at Cafè Au Go-Go
• 1968 - Hooked on Blues
• 1969 - Get Back Home (Black & Blue, 1999)
• 1969 - If You Miss'Im I Got'Im
• 1969 - Simply The Truth
• 1969 - That's Where It's At!
• 1969 - Get Back Home (First Issue)
• 1970 - If You Miss 'Im… I Got 'Im
• 1970 - John Lee Hooker on the Waterfront
• 1970 - Moanin' and Stompin' Blues
• 1971 - Endless Boogie
• 1971 - Goin' Down Highway 51
• 1971 - Half A Stranger
• 1971 - Hooker'n'Heat/Infinite boogie
• 1971 - I Feel Good
• 1971 - Never Get Out Of These Blues Alive
• 1972 - Detroit Special
• 1972 - Live At Soledad Prison
• 1973 - Born In Mississippi, Raised Up In Tennessee
• 1974 - Free Beer And Chicken
• 1974 - Mad Man Blues

• 1976 - Alone
• 1976 - In Person
• 1977 - Black Snake
• 1977 - Dusty Road
• 1978 - The Cream
• 1979 - Sad And Lonesome
• 1980 - Everybody Rockin'
• 1980 - Sittin' Here Thinkin'
• 1981 - Hooker 'n' Heat (Recorded Live at the Fox Venice Theatre)
• 1987 - Jealous
• 1988 - Trouble Blues
• 1989 - Highway Of Blues
• 1989 - John Lee Hooker's 40th Anniversary Album
• 1989 - The Detroit Lion
• 1989 - The Healer avec Bonnie Raitt...
• 1990 - Don't You Remember Me
• 1991 - More Real Folk Blues: The Missing Album
• 1991 - Mr. Lucky 
• 1992 - Boom Boom
• 1992 - This Is Hip
• 1992 - Urban Blues
• 1993 - Nothing But The Blues
• 1994 - King of the Boogie
• 1994 - Original Folk Blues… Plus
• 1994 - Dimples (Classic Blues)
• 1995 - Alternative Boogie: Early Studio Recordings, 1948-1952
• 1995 - Chill Out
• 1995 - Whiskey & Wimmen
• 1995 - Blues for Big Town
• 1996 - Moanin' the Blues (Eclipse)
• 1996 - Alone: The First Concert
• 1997 - Don't Look Back
• 1997 - Alone: The Second Concert
• 1998 - Black Man Blues
• 2000 - On Campus
• 2001 - Concert at Newport
• 2001 - The Cream (Re-issue)
• 2001 - The Real Blues: Live in Houston 1979
• 2002 - Live At Newport
• 2003 - Face to Face
• 2003 - Burning Hell (Our World)
• 2003 - Rock With Me
• 2004 - Jack O' Diamonds: The 1949 Recordings